Møgeltønder kyrka ligger mellan Sønderbyen och Slotsgaden, och härifrån går fyra stigar in mellan de gamla husen och upp till kyrkan. Kyrkan ligger på den högsta punkten i staden, och från kyrkan har man en fin utsikt över staden och Tøndermarsken. Kyrkan var tillägnad St. Nicolai, sjömännens skyddshelgon.

Kyrkobyggnader

Møgeltønder kyrka byggdes på 1200-talet, men en träkyrka och en stenkyrka stod tidigare på samma plats på 1000-talet. Från stenkyrkan finns en granitsten med romansk fris, som nu sitter i kyrktornets vägg.

Kyrkans första etapp var långhusets östra del och ett nu försvunnet kor. Båda byggdes i munksten och i romansk stil med rundbågiga fönster och dörrar och antagna rundbågiga friser. Under senare delen av 1200-talet byggdes långhuset ut mot väster, och ett nytt kor byggdes, båda i senromansk stil med modifierade rundbågsfriser.

Omkring år 1500 byggdes kyrktornet i sengotisk stil. Kyrkotornet fungerade både som klockstapel och som sjömärke för sjöfararna ute i vattenkärret. Tornspiran är mycket karaktäristisk med sin mycket höga åttakantiga spira med små gavlar i varje hörn. Kyrkotornet är av den så kallade "Tørninglen-typen" och liknar de flesta kyrktorn i gamla Tørninglen Provsti. Kyrkotornet har en ganska händelserik historia. 1628 föll tornet i en julstorm, men återuppbyggdes 1630. 1599 såldes det ursprungliga blytaket och ersattes av träspån, som på Tønder kyrka. 1882 fick tornet ett skiffertak och vid restaureringarna på 1970-talet ett blytak igen.

Kyrkklockorna är från 1333 och 1642. Den första har ett gjutmärke och den andra har inskriptionen Baltzer Melchior. Den sista klockan hotades av att smältas ned under första världskriget 1914-18, men greve Otto Didrik Schack bytte snabbt ut klockan med en mindre värdefull klocka från Emmerlev kyrka och då smälte tyskarna ner den istället. Urverket är från 1663 och har fungerat sedan dess, men urtavlarna har tagits bort från 1948-77 av säkerhetsskäl.